A coordenação do Projeto Rondon, após viagem de reconhecimento à região de operações, definiu os locais de atuação das equipes formadas por instituições de ensino superior. A coordenação visitou as 13 localidades anteriormente escolhidas para a realização da fase de diagnóstico do projeto, durante o mês de janeiro de 2005.
Nesta fase inicial, serão atendidas localidades do estado do Amazonas, cujas instituições de ensino ficaram assim distribuídas:
Tefé: Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Universidade Federal de Viçosa, Universidade Estadual do Mato Grosso do Sul, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Universidade Federal de Uberlândia e Universidade Federal de Minas Gerais; São Gabriel da Cachoeira: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, Universidade Federal de Santa Catarina, Universidade Federal da Paraíba, Universidade Federal Fluminense, Escola Politécnica da Universidade de São Paulo e Sociedade de Ensino Superior Estácio de Sá; Tabatinga: Centro Universitário Luterano de Manaus, Universidade Federal de Lavras, Universidade Estadual do Oeste do Paraná, Universidade Federal do Paraná, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto e Universidade Federal de Santa Maria; Coari: Universidade Católica de Brasília, Universidade Federal do Amazonas e Universidade do Estado de Minas Gerais; Fonte Boa: Universidade de Brasília, Escola Superior de Agricultura de Mossoró e Universidade do Estado do Amazonas; Carauari: Universidade Federal da Bahia e Universidade Federal do Espírito Santo; Eirunepé: Universidade Estadual de Campinas e Universidade Federal de Sergipe; Santa Isabel: Pontifícia Universidade Católica de Minas Gerais e Universidade Federal do Ceará; Santo Antônio do Içá: Universidade do Estado do Rio de Janeiro e Universidade Federal de São Carlos; Yauaretê: Universidade Federal Rural do Amazonas e Universidade Estadual Paulista; Maturacá: Universidade de Caxias do Sul; Atalaia do Norte: Universidade Federal do Mato Grosso do Sul e Universidade do Vale do Paraíba; e Benjamin Constant: Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, Universidade Federal do Mato Grosso e Centro Universitário do Norte. (Assessoria de Comunicação do MEC, com informes do Ministério da Defesa)